SCAPIS – en av Sveriges största källor till hälsodata för forskning

SCAPIS (Swedish CArdioPulmonary bioImage Study) är en svensk storsatsning på forskning om hjärt-, kärl- och lungsjukdom. Studien drivs gemensamt av sex universitetssjukhus som tillsammans har samlat in hälsodata för 30 000 slumpmässigt utvalda individer i åldern 50–64 år. Huvudfinansiär är Hjärt-Lungfonden.

Ett stort antal forskargrupper ingår i samarbetet, men SCAPIS-kohorten har också väckt intresse hos utomstående forskare på grund av sin storlek och detaljrikedom. Louise Rundqvist, handläggare på SCAPIS, går varje vecka igenom nya ansökningar om data till olika forskningsprojekt.

Den första insamlingen till SCAPIS gjordes 2013–2018. Den innehåller data från ett brett batteri av kliniska undersökningar och provtagningar, inklusive genetik, samt enkätsvar om bland annat livsstilsfaktorer som kost och motion. Fysisk aktivitet i vardagen har också mätts med accelerometer.

Därtill innehåller SCAPIS ett stort bildmaterial från datortomografi och ultraljud. För varje deltagare i studien finns cirka 2 500 lagrade bilder med tyngdpunkt på lungor och kärl, men även andra organ. Att materialet är så omfattande är den stora fördelen med SCAPIS jämfört med att forska på data från vanliga hälsoregister, menar Louise Rundqvist. Men det ställer samtidigt krav på användaren.

– Det kan vara svårt att begränsa sig och avgöra vilka variabler som är mest relevanta när det finns fler än tusen, säger hon.

Sedan externa forskare fick möjlighet att ansöka om data från SCAPIS 2021 har intresset ökat för varje år. I fjol (2024) inkom 67 ansökningar varav nästan alla beviljades. Det gör SCAPIS till en av landets större leverantörer av hälsodata till forskning.

Att avslag är ovanliga beror inte på att alla forskargrupper har realistiska önskemål från start, utan på den dialog mellan forskare och SCAPIS som vanligen föregår en ansökan, förklarar Louise Rundqvist. Då kan oklarheter redas ut och förväntningar anpassas, så att ansökan går igenom på första försöket.

Det finns en rad krav som den sökande måste leva upp till, betonar hon. Först och främst ska den planerade forskningen stämma med kohortens övergripande inriktning mot hjärt-, kärl- och lungsjukdom. Samtidigt ska den undvika att direkt överlappa med viss forskning inom SCAPIS. Forskning på kohortens stora bildmaterial förväntas bidra till utveckling av metoder och nya variabler. Bara undantagsvis tillåts insamling av ytterligare data från deltagarna i studien.

– Det bedöms från fall till fall beroende på hur stor nyttan anses vara, men vi är rätt restriktiva. Det är viktigt att inte besvära de här personerna i onödan. Vi vill inte riskera att personer tröttnar och tackar nej till fortsatt deltagande.

Ytterligare ett villkor är att SCAPIS bara lämnar ut data till forskare vid svenska institutioner. Dessa kan dock samarbeta med forskare från andra länder och använda data i gemensamma projekt.

– Frågan om att dela hälsodata över nationsgränser är inte lätt att lösa juridiskt. Vi har så mycket värdefullt material att det inte finns tillräckligt med forskare i Sverige för att undersöka det. Det ska bli intressant att se om det kan bli några förändringar i framtiden.

Det händer att forskare ansöker om data som inte finns tillgängliga än. Ibland har insamling och sammanställning helt enkelt inte avslutats, men det förekommer också att data finns men till en början inte delas med utomstående.

– Det pågår många substudier där forskare inom SCAPIS gjort egna datainsamlingar för en del av kohorten. Det är en rimlig princip att de har förtur till sina data, men bara under en bestämd tid. Ofta handlar det om ett par år, säger Louise Rundqvist.

När medicinska bilder ska beforskas behöver de ofta översättas till variabler som kan bearbetas statistiskt – som ett anatomiskt avstånd mätt i millimeter eller graden av en viss vävnad eller celltyp angiven i procent. När forskare får tillgång till datortomografi- och ultraljudsbilder från SCAPIS förbinder de sig samtidigt att dela med sig av alla sådana nya variabler som de konstruerar. På så sätt bidrar användarna till att databasens användbarhet växer över tid.

– Vi lämnar ut materialet i två steg. Först får forskarna bilderna. När de gått igenom dem och skapat och skickat in sina nya variabler till oss lämnar vi ut resten av materialet, säger Louise Rundqvist.

Tekniskt sett är det inte svårt att ta emot dessa dataset från användarna. Utmaningen är snarare att få till beskrivningar av de nya variablerna som är genomtänkta, tydliga och exakta, så att andra forskare förstår och kan använda dem, konstaterar hon.

Ansökan om data från SCAPIS görs i ett detaljerat formulär. Fördelarna med ett fast formulär är att all nödvändig information alltid kommer med i ansökan och att strukturen gör det lätt att hitta och bedöma uppgifter vid handläggningen, förklarar Louise Rundqvist. Det gör tillståndsprocessen strömlinjeformad.
Utförliga pdf-instruktioner finns som stöd, både för ansökan till SCAPIS och den ansökan som innan dess måste ha gjorts hos Etikprövningsmyndigheten (EPM).

Ibland begår forskare ändå misstag i ansökan. Vissa är lätt reparerade, som när EPM:s godkännande inte bifogats utan behöver skickas in i efterhand. I andra fall orsakar misstagen både förseningar och extrakostnader. Louise Rundqvist vill särskilt uppmana alla sökande att kontrollera en extra gång att de fått med alla nödvändiga variabler och att de valt att få data levererade med rätt typ av id-nummer.

– SCAPIS lämnar aldrig ut personnummer. Som standard ersätter vi det med ett framslumpat löpnummer. Det funkar i de flesta sammanhang, men inte om forskarna har annat material som de har tänkt att samköra med vårt.

När dataset från olika källor ska kopplas ihop behöver någon av dataleverantörerna istället framställa en kodnyckel i förväg, förklarar hon. Med hjälp av nyckeln kan ett visst personnummer ersättas med samma id i alla dataset som forskarna har tänkt att använda. Men en sådan lösning går inte att införa i efterhand i data som redan har lämnats ut med fel typ av id. Då måste hela processen göras om, med ny ansökan. Samma sak gäller när forskare upptäcker att de missat en variabel i ansökan.

– Vi kan inte lämna ut något alls utan ansökan och beslut. Inte ens om det saknas en enda liten variabel.

Tiden från inkommen ansökan till leverans av data är vanligen 3–4 veckor, förutsatt att projektet enbart gäller SCAPIS eget material. Samkörningsärenden kräver samarbete med den eller de organisationer som ska leverera övriga dataset och är därför beroende av hur väntetiderna ser ut hos dessa. Det brukar vara den andra parten, ofta en stor registerhållare som Socialstyrelsen eller Statistiska Centralbyrån, som tekniskt utför samkörningen.

SCAPIS data lagras uppdelade på olika delar, av både tekniska och organisatoriska skäl. Men det märker inte den sökande forskaren något av, försäkrar Louise Rundqvist. Allt ryms i samma ansökan. Undantaget är om någon skulle ansöka om tillgång till SCAPIS fysiska prover som ligger lagrade i biobanker. Det måste handläggas i särskild ordning, men har hittills inte inträffat.

– Några har hört sig för, men backat när de fått kostnaderna klara för sig. Det blir dyrt att hantera minst 30 000 fysiska prover.

Idag, ett decennium efter insamlingen av SCAPIS, pågår den första stora återundersökningen av deltagarna, kallad SCAPIS 2. Där har teknikutvecklingen tagit ytterligare ett steg. Louise Rundqvist ser mycket nöjd ut när hon berättar att datortomografibilder nu tas med fotonräknare – en teknik för högre upplösning som introducerats de allra senaste åren och fortfarande bara finns på ett fåtal ställen i Sverige.

– Den första insamlingen gav oss en baslinje. Med SCAPIS 2 blir det möjligt att undersöka vad som hänt i kohorten sedan dess, så det är ett väldigt viktigt steg för oss, och kommer sannolikt att öka intresset utifrån ytterligare, säger hon.
SCAPIS räknar med att data från SCAPIS 2 är klara hösten 2026 och då kan börja delas med intresserade forskare.

Text: Anders Nilsson